Středověký atomismus byl překvapivě pestrý. Neznamená to však, že by středověcí učenci znali atom v dnešním chemickém smyslu. Latinské slovo atomus pochází z řeckého atomos, tedy „nedělitelný“, a mohlo označovat nejmenší fyzickou částici, ale také nedělitelný bod nebo okamžik. Přesto se mezi učenci 12. až 14. století objevily názory, které se antickému atomismu pozoruhodně podobaly.

Jedním z prvních výrazných příkladů byl Vilém z Conches, učenec působící ve 12. století. Ve svém Dragmaticon philosophiae nechává svého protivníka namítnout, že se vrací k názoru epikurejců, podle nichž svět sestává z atomů. Vilém odpovídá pozoruhodně smířlivě: Epikúros měl podle něj pravdu v tom, že svět je složen z atomů, mýlil se však v představě, že tyto atomy existovaly od věčnosti a bez Boha. Vilém tedy spojil antickou atomistickou představu s křesťanským viděním světa.

O něco později se podobnými otázkami zabýval Robert Grosseteste, významný anglický učenec a pozdější biskup z Lincolnu. Ve spise De luce hovoří o filosofech, kteří tvrdili, že věci jsou složeny z atomů. Jeho vlastní kosmologie však není prostým přijetím Epikúrova atomismu. Grosseteste se zabývá především vznikem těles, prostorem, světlem a strukturou kontinua. Právě jeho dílo ukazuje, že slovo atomus mohlo být ve středověké přírodní filosofii stále živým odborným pojmem.

Ve 14. století se debata ještě vyostřila. Henry z Harclay, kancléř Oxfordské univerzity, hájil názor, že kontinuum může být složeno z nedělitelných částí. Jeho pozice vyvolala rozsáhlou polemiku a měla následovníky, mezi nimi například Waltera Chattona. Současní historikové dějin filosofie dokonce výslovně řadí Henryho z Harclay mezi scholastiky, kteří se pokusili navázat na Epikúrovu atomistickou tradici.

Ještě dál zašel Mikuláš z Autrecourtu, působící v Paříži. V jeho hlavním přírodovědném spise Exigit ordo, dokončeném ve 30. letech 14. století, se objevuje skutečně fyzický atomismus. Tělesa podle něj tvoří nedělitelné částice a změna těles není vznikem a zánikem základních částí, ale jejich pohybem a přeskupováním. Autrecourt navíc spojoval strukturu hmoty se strukturou prostoru a času: nedělitelné částice hmoty odpovídají nedělitelným bodům prostoru a okamžikům času.

Autrecourtův atomismus je ovšem třeba chápat opatrně. Moderní badatelé stále diskutují o tom, co přesně jeho „atomy“ znamenaly a zda šlo o fyzické částice, nebo o jiný druh nedělitelných entit. Přesto není pochyb o tom, že jeho přírodní filosofie používá atomistické vysvětlení fyzického světa mnohem důsledněji než většina jeho předchůdců.

K této tradici patřili i další učenci. William Crathorn například tvrdil, že kontinuum lze rozdělit na konečný počet skutečných fyzických atomů, nešlo přitom o matematické body. Dokonce rozlišoval například atomy zlata a atomy olova. V Paříži zase rozvíjel vlastní teorii nedělitelných částí františkán Gerald Odonis. Atomismus tedy byl stále součástí širší scholastické diskuse o povaze hmoty, prostoru, času a pohybu.

Jak se ale takové myšlenky mohly dostat až do Čech? Především prostřednictvím mezinárodní sítě středověkých univerzit a klášterních řádů. Učenec v Praze nemusel nikdy navštívit Oxford ani Paříž. Knihy, studenti, mistři i opisy rukopisů mezi univerzitními centry putovaly. Pražská univerzita vznikla roku 1348 a její intelektuální prostředí bylo od počátku součástí evropské scholastické sítě. Dochované doklady dokonce ukazují konkrétní vazby mezi Prahou a Oxfordem a také dovoz pařížských textů do Čech (vzpomeňme třeba na mistra Engliše, který stál na počátku husitské revoluce).

Řeholní řády vytvářely vlastní studijní síť napříč Evropou. Mladý řeholník mohl studovat v Praze, později v Paříži, vrátit se do českého kláštera a přivézt s sebou nejen knihy, ale také argumenty, které se na univerzitách právě diskutovaly. Autrecourtův Exigit ordo byl navíc přímo adresován teologům v řeholních řádech, takže jeho myšlenky byly součástí prostředí, v němž se pohybovali vzdělaní duchovní.

Epikúros a antický atomismus nemusel být ve středověku znám pouze z přímé četby atomistických spisů. Jeho myšlenky přežívaly ve zprostředkované podobě u autorů jako Cicero, Lactantius, Jeroným, Ambrož nebo Augustin. Ve 12. století se o epikureismu píše například u Jana ze Salisbury a Vilém z Conches se k němu dokonce staví překvapivě otevřeně.

Proto bychom si středověkého českého mnicha neměli představovat jako člověka, který žil v úplně jiném intelektuálním světě než antický atomista. Pokud měl přístup k dobré klášterní nebo univerzitní knihovně a ovládal latinu, mohl znát pojem atomus, vědět, že Epikúros a jeho následovníci tvrdili, že svět je složen z atomů, znát aristotelské argumenty proti této teorii a dokonce narazit na současné scholastické autory, kteří možnost atomů znovu hájili. Neznamená to ovšem, že by takový názor musel přijímat. Atomismus byl ve středověku menšinovou a spornou filosofií, ale rozhodně nebyl zapomenutý.

Atomismus sám o sobě navíc nebyl zakázanou naukou. Byla to kontroverzní filosofická možnost výkladu světa, o které se mohlo akademicky diskutovat. Problém nastával ve chvíli, kdy se atomistická fyzika spojila s tvrzeními, která začala přímo podkopávat aristotelskou metafyziku nebo některé teologické doktríny.

Právě Autrecourt je příklad člověka, který tuto hranici skutečně překročil. Jeho případ ukazuje, že ve 14. století mohl učený klerik v Evropě nejen znát atomismus, ale také se kvůli svým filosofickým názorům dostat před církevní soud, být donucen k odvolání a vidět své knihy hořet.

Zajímavé navíc je, že jeho odsouzení atomistické myšlení nezastavilo. Jeho názory znali a diskutovali pozdější scholastikové a některé jeho odsouzené teze se objevují v pozdějších filosofických debatách.